Programa detallado del curso de Filogeografía
PRIMERA SEMANA, 25 a 28 de enero: La introducción al tema
miercoles, 25 de enero
Introducción a la Filogeografía y la filosofía de este curso
leer: Avise et al. (1987), el olvidado clásico!
discrecional:
Lanteri y Confalonieri (2003), Ballard and Whitlock (2004).
viernes, 27 de enero
Alinamiento de secuencias de ADN
leer: Las referencias de mierocoles si las no han leido hasta hoy.
sábado, 28 de enero
lab 1: Haciendo su proprio estudio con datos publicados (y públicos): Buscando literatura en general y datos en GenBank.
SEGUNDA SEMANA, 01 a 04 de febrero: genética de poblaciones - la coalesencia
miercoles, 01 de febrero
Coalesencia I, la introducción
leer: Wakeley (2006) Chapter 1.
discrecional: Wakeley (2006) Chapter 2.
viernes, 03 de febrero
Coalesencia II, unos resultados
leer: Wakeley (2006) Chapter 4.
discrecional: Wakeley (2006) Chapter 3, Rosenberg y Nordborg (2003).
sábado, 04 de febrero
lab 2: Organización, alineamiento y vizualización de sus secuencias de ADN con ClustalX, MEGA (solo en PC), y Mequite.
TERCERA SEMANA, 08 a 11 de febrero: genética de poblaciones - demografía histórica
miercoles, 08 de febrero
Coalesencia III, pruebas de neutralidad
leer: Ramos-Onsins y Rozas (2002).
discrecional: Rogers y Harpending (1992), Rosenberg y Nordborg (2003).
viernes, 10 de febrero
Demografía histórica
leer:
Hey y Machado (2003).
discrecional: Hey (2005).
sábado, 11 de febrero
lab 3: Estadística descriptiva y puebas del modelo neutral: dnaSP solo en PC.
CUARTA SEMANA, 15 a 18 de febrero, estructura genética de poblaciones
miercoles, 15 de febrero
Estructura poblacional asumiendo equilibrio: FST y Nm.
leer:
Whitlock & McCauley (1999).
discrecional:
Charlesworth (1998).
viernes, 17 de febrero
Estructura poblacional sin el supuesto de equilibrio: NC(P)A.
leer:
Templeton (1998).
discrecional:
Knowles y Maddision (2002).
sábado, 18 de febrero
lab 4: Genéntica de poblaciones: la evaluación del modelo de aislamiento y migración con IM.
QUINTA SEMANA, 22 a 25 de febrero, repaso y parcial
miercoles, 22 de febrero
Repaso y discussión para el parcial viernes: filogeografía, coalescencia, FST, y NCPA.
leer: Toda la lectura de las 4 semanas pasadas.
discrecional: Toda la lectura opcional de las 4 semanas pasadas.
viernes, 24 de febrero
parcial: Primer examen (mid-term).
sábado, 25 de febrero
lab 5: FST con dnaSP y un red de haplotipos con TCS o Network.
SEXTA SEMANA, 01 a 04 de marzo, evolución molecular y filogenia
miercoles, 01 de marzo
Mutación: el origin fundamental de todos nuestros datos.
leer:
Crawford (2003).
discrecional:
Drake et al. (1998).
viernes, 03 de marzo
Versimílitud máxima y modelos de evolución de secuencias de ADN.
leer: Felsenstein capítulo 13 (Models of DNA evolution).
discrecional:
Foster (2001). Unas páginas de MBL sobre DNA substitution models.
sábado, 04 de marzo
lab 6: GeoDis y Análisis filogenético de Clados Anidados.
SÉPTIMA SEMANA, 08 a 11 de marzo, filogenética molecular y probando hipótesis
miercoles, 08 de marzo
Análisis Bayesianos con MCMC, los riesgos y las ventajas.
leer:
Holder y Lewis (2003).
discrecional: Felsenstein capítulo 18 (Bayesian inference of phylogenies).
viernes, 10 de marzo
La estadística y las filogenias: pruebas de la topología.
leer: Pauly et al. (2004).
discrecional: Felsenstein capítulo 21 (Paired-sites tests).
sábado, 11 de marzo
lab 7: Introducción a PAUP* (y Unix?), Modeltest, y la prueba de la proporción en versimílitud (LRT).
OCTAVA SEMANA, 15 a 18 de marzo, filogeografía y tiempos de divergencia
Esta semana todos los estudiantes tienen que monstrarme un borrador preliminaro del manuscrito final.
miercoles, 15 de marzo
La estimación de los tiempos de divergencia: métodos filogenéticos
leer:
Bromham y Penny (2003).
discrecional:
Weigt et al. (2005).
viernes, 17 de marzo
Filogeografía de un solo taxon.
leer:
Wüster et al. (2005).
discrecional:
Cheviron et al. (2005).
sábado, 18 de marzo
lab 8: filogenética bayesiana: MrBayes o BayesPhylogenies
NOVENA SEMANA, 22 a 25 de marzo, filogeografía: desde las moléculas hasta las comunidades
miercoles, 22 de marzo
Filogeografía comparativa y la evolución de comunidades
leer:
Bermingham y Martin (1998).
discrecional:
Dick et al. (2005).
viernes, 24 de marzo
Filogeografía y el origen de la diversidad en los trópicos
leer:
Lessa et al. (2003).
discrecional:
Crawford (2003).
sábado, 25 de marzo
lab 9: Estimar tiempos de divergencia 'a mano', con TreeEdit (¿y con multidivtime?)
DÉCIMA SEMANA, 29 de marzo a 01 de abril, una semana muy ocupado para ustedes
miercoles, 29 de marzo
repaso: repaso y discussión sobre todo el material del curso antes del parcial final. También, puedemos hablar de las presentaciones para sábado y los manuscritos para lunes.
viernes, 31 de marzo
parcial final: comprehensivo sobre todas las presentaciones, lectura, y laboratorios.
sábado, 01 de abril
lab 10 = Presentaciones finales: 12 minutos cada charla, 8 minutos para preguntas, mas un descanso de 20 minutos.
UNDÉCIMA SEMANA, 03 de abril, el 'deadline' final
lunes, 03 de abril, mediodía
manuscritos: último día y última hora para entregar los informes finales.