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Metodología del curso Filogeografía BIOL 4211

HORA Y LUGAR

Universidad de los Andes
Teoría: De las 4:00 p.m. a las 6:00 p.m., miercoles y viernes, en el salón 206 del edificio AU.
Laboratorios: De las 8:00 a.m. a las 12:00 p.m., sábado, en el salón J-401 (Biocómputo) del edificio J.

PROFESOR

Dr. Andrew J. Crawford
horas de oficina: martes y jueves, 3:00 a 4:00 p.m., o por cita.
oficina: J 403.
número de oficina: 339-4949 extensión 3749
email 1: andrew(arroba)dna.ac
email 2: crawfordaj(arroba)si.edu
celular: 312-426-9646

TA

Jesús Chucho Ortega
horas de oficina: por cita.
oficina: J 305.
número de oficina: 339-4949 extensión 3749
email: je-orteg(arroba)uniandes.edu.co

SUS DATOS PROPIOS EN EL LABORATORIO

Vamos a hacer un gran experimento. En vez de que el Profe les da los datos a los estudiantes para cada ejercicio de sistemas, lo que vamos hacer es que los estudiantes buscan, organizan, y analizan sus datos escogidos y obtenidos de GenBank o con sus propios datos. Así, los laboratorios serán un poco complicados y seguro vamos a encontrar problemas no esperados, y no todas los métodos son apropriados para todos los datos, pero también es seguro que aprendemos mucho más y los estudiantes estarán listos para hacer sus propios estudios filogeográficos en el futuro.
Los estudiantes formarán grupos de dos personas que se mantendrán durante todo el curso.
Los datos tienen que incluir por lo menos:
Secuencias de ADN mitocondrial.
Mínimo 15 secuencias de la misma especie, pero más secuencias sería mucho mejor!
Mínimo 3 localidades de esa misma especie, pero con más localidades sería mucho mejor!
Los datos óptimos incluirían varias poblaciones (o regiones) con 10 o más individuos por sitio.
Y si el artículo no incluye longitud-latitud, los estudiantes tienen que buscar o estimar los datos geográficos (por ejemplo, UniAndes se ubica en -074.0657, 04.6012).
Los datos deben incluir:
Muestras de SurAmérica, por ejemplo de las Amazonas o con muestras trans-Andinas.
Los datos pueden incluir también: Más localidades, más secuencias por localidad, más genes mitocondriales por individuo, genes nucleares, más que una especie.
En nuestros laboratorios, no vamos a usar datos de:
Microsatélites, RFLPs, AFLPs, RAPDs, aloenzimas, etc.

TAREA sobre la TEORÍA

Al final de algunas de las clases, se dará una tarea a los estudiantes, para hacer y discutir en clase o para la clase siguiente.

TAREA sobre los LABORATORIOS

Seis días después cada laboratorio (es decir en el próximo viernes), cada grupo de 2 estudiantes tienen que entregar un pequeño informe de una a dos páginas de texto (con figuras y tablas en hojas aparte) que incluye los motivos, métodos y resultados. Además se debe discutir que hicieron diferente a los autores orginales y como cambiaron los resultados y conclusiones. Pueden escribirlo en inglés o castellano.

UN PEQUEÑO MANUSCRITO

Al final del curso, cada grupo de dos estudiantes tienen que entregar un pequeño manuscrito en inglés sobre los datos que analizaron durante el curso. Aparte de los métodos y resultados, se tiene que incluir (a) un resumen en inglés y castellano, (b) una introducción incluyendo las preguntas, información sobre estudios previos, y por qué los organismos y su ambiente son importantes o interesantes, (c) una discusión de los resultados, su relevancia, y las diferencias entre su estudio y el original, y finalmente (d) las referencias. La cantidad máxima de palabras sería 4,000 palabras (sin contar las referencias).

UNA CHARLA DE 12 MINUTOS

Al final del curso, cada grupo de dos estudiantes tienen que presentar una pequeña charla en inglés sobre el estudio que hicieron durante el curso con los datos de GenBank o sus propios datos. Sería más importante que los estudiantes contesten unas preguntas específicas, y no necesariamente presentan todo los análisis que hicieron en el lab. El tiempo máximo sería 12 minutos más 3 minutos para preguntas.

EXAMENES

Habrá un parcial en la mitad del curso y otro al final, que será acumulativo.

MATERIAL PARA LEER

En Programa encontrará los temas y las referencias correspondientes a las clases y los laboratorios. Por favor leer este material antes de las sesiones.
Algunas referencias son discrecional (opcional), pueden leerlas si tienen tiempo e interés. Hay más referencias relacionadas al tema de filogeografía y genética evolutiva en Referencias.

El la biblioteca tenemos dos libros en reserva para su uso durante el curso:
Phylogeography por John Avise (2000), Harvard University Press.
Phylogenetic Trees Made Easy por Barry G. Hall (2001), Sinauer Associates.

NOTAS

tarea de teoría 15%
informes del laboratorios * 15%
manuscrito final * 15%
charla final * 15%
parcial primero 15%
parcial final 20%
participación en las clases 5%

* = Los dos miembros de los grupos recibirá la misma puntación.

CALIFICACIÓN

90-100% 5.0
85-89.9% 4.5
80-84.9% 4.0
75-79.9% 3.5
70-74.9% 3.0
65-69.9% 2.5
60-64.9% 2.0
55-59.9% 1.5
50-54.9% 1.0

Estas notas son las mínimas. Si los porcentajes salen bajos, el profesor reserva el derecho de poner una curva para que las notas finales salen mejor mientras la distribución de los porcentajes se mantengan.